400 Jahre in der Zukunft: Eine industrielle Seuche löscht nahezu die gesamte Weltbevölkerung aus und lässt nur 5 Millionen dort zurück, die den Virus durch einen komplizierten Impfstoff überleben. Mit nur einem Nachteil: Das Heilmittel lässt sie unfruchtbar werden. Dessen unwissend, leben die letzten Menschen in der von Wissenschaftlern regierten Stadt Bregna, der letzten Metropole der Menschheit.
Was ebenso niemand weiß: Stirbt ein Mitglied der Gesellschaft, so wird es erneut geklont! Ein verhängnisvoller Kreislauf ohne sichere Existenz der menschlichen Rasse. Inmitten dieser Gesellschaft befindet sich die Agentin Aeon Flux. Sie soll für eine Untergrundbewegung einen Auftrag erfüllen – Trevor Goodchild töten. Der Regierungschef scheint die Wurzel des Bösen und seine Liquidierung die Lösung allen Übels. Nur ist alles anders, als es scheint.
Aeon Flux wurde vor allem als Comic-Serie in den 90ern auf MTV bekannt. Doch, ob Comic oder Realverfilmung – der Film steht den Kult-Episoden des Musiksenders in nichts nach.